Além da extração ilegal de madeira, as florestas brasileiras também são ameaçadas pelo funcionamento clandestino de garimpos, inclusive em áreas indígenas. A Operação Guardiões do Bioma, em seu eixo Proteção de Terras Indígenas, já apreendeu mais de 54 toneladas de minérios retirados ilegalmente do solo da Terra Indígena Yanomami, localizada no estado de Roraima. Ao todo, 53 pessoas ligadas a garimpos nesta região já foram presas e quase mil munições foram apreendidas.
